بررسی مقایسه‏ ای ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط کنترل و تنش خشکی با استفاده از داده ‏های est

نویسندگان

منظر حیدری

کارشناس بخش زیست شناسی سامانه ها، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی زهرا سادات شبر

استادیار بخش زیست شناسی سیستم ها، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی پریسا کوباز

استادیار، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج محمد جواد حیدری

دانشجوی دکترای کامپیوتر، دانشکده کامپیوتر، دانشگاه امیرکبیر، تهران

چکیده

برنج غذای اصلی بیش از نیمی از جمعیت جهان به ویژه کشورهای در حال توسعه است و خشکی مهمترین عامل کاهش عملکرد برنج در آسیا می باشد. این تحقیق به منظور شناسایی ژن های پاسخ دهنده به تنش خشکی با کمک تجزیه و تحلیل اطلاعات est دو کتابخانه برگ برنج انجام شد. داده های کتابخانه های est در شرایط شاهد و تنش خشکی، از پایگاه ‏داده ncbi دریافت و با استفاده از نرم‏افزار egassembler ویرایش، دسته‏بندی و هم‏گذاری شدند. توالی‏های کانتیگ و سینگلتون به دست آمده به عنوان الگو برای جستجوی بلاست ‏x در بانک توالی پروتیین برنج و انتساب گروه عملکردی با استفاده از نرم‏ افزار clc genomic workbench و agrigo به کار برده شدند. پروتئین های شناسایی شده در کتابخانه های شاهد و خشکی به ترتیب در70 و 82 گروه کارکردی مختلف قرار گرفتند. برای شناسایی تفاوت های معنی دار بین گروه های کارکردی در کتابخانه های شاهد و تنش خشکی از نرم‏افزار ideg6 استفاده شد. بررسی هستی شناسی ژن ها، تفاوت معنی‏ دار در 20 گروه عملکردهای مولکولی، 35 گروه فرایندهای زیستی و 12 گروه اجزای درون سلول را آشکار ساخت. به منظور تعیین بیان افتراقی ژن‏ها بین دو کتابخانه، 4012 est دارای کد unigene با استفاده از الگوریتم پیاده‏ سازی شده در نرم‏افزار matlab انتخاب و با استفاده از نرم افزار ideg6 تفاوت معنی دار بین 42 ژن تحت تنش خشکی نسبت به شاهد، مشاهده شد (31 ژن افزایش و 11 ژن کاهش بیان). ژن‏های افزایش بیان یافته، در پاسخ به تنش های محیطی و اکسیداتیو، برقراری هموستازی، پروتئولیز و گلیکولیز نقش داشته و ژن های مربوط به فتوسنتز کاهش بیان نشان دادند.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

بررسی مقایسه‏ ای ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط کنترل و تنش خشکی با استفاده از داده ‏های EST

برنج غذای اصلی بیش از نیمی از جمعیت جهان به ویژه کشورهای در حال توسعه است و خشکی مهمترین عامل کاهش عملکرد برنج در آسیا می‌باشد. این تحقیق به منظور شناسایی ژن‌های پاسخ دهنده به تنش خشکی با کمک تجزیه و تحلیل اطلاعات EST دو کتابخانه برگ برنج انجام شد. داده‌های کتابخانه‌های EST در شرایط شاهد و تنش خشکی، از پایگاه ‏داده NCBI دریافت و با استفاده از نرم‏افزار EGassembler ویرایش، دسته‏بندی و هم‏گذاری ش...

متن کامل

بررسی مقایسه‏ ای ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط کنترل و تنش خشکی با استفاده از داده ‏های EST

برنج غذای اصلی بیش از نیمی از جمعیت جهان به ویژه کشورهای در حال توسعه است و خشکی مهمترین عامل کاهش عملکرد برنج در آسیا می‌باشد. این تحقیق به منظور شناسایی ژن‌های پاسخ دهنده به تنش خشکی با کمک تجزیه و تحلیل اطلاعات EST دو کتابخانه برگ برنج انجام شد. داده‌های کتابخانه‌های EST در شرایط شاهد و تنش خشکی، از پایگاه ‏داده NCBI دریافت و با استفاده از نرم‏افزار EGassembler ویرایش، دسته‏بندی و هم‏گذاری ش...

متن کامل

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

متن کامل

بررسی خصوصیات روزنه ای انجیر خوراکی تحت شرایط تنش خشکی

استهبان با دو میلیون اصله درخت انجیر، مهمترین منطقه تولید انجیر دیم در ایران است که با مشکل کم آبی روبرو ست. تحقیق حاضر اثرات سطوح مختلف تنش آبیاری را بر واکنش روزنه و سلول نگهبان در آزمایشی به صورت فاکتوریل 4*4 در قالب طرح کاملا تصادفی مورد بررسی قرار داده است. تیمارها شامل چهار رقم انجیر خوراکی (سبز، سیاه، شاه انجیر و متی) و چهار سطح آبیاری شامل شاهد (100% ظرفیت زراعی)، تنش ملایم (75% ظرفیت ز...

متن کامل

ارزیابی تبادلات گازی برگ گیاه ذرت به‌هنگام استفاده از کود زیستی میکوریز تحت شرایط تنش خشکی

به منظور مطالعه اثر قارچ میکوریز آربوسکولار بر فتوسنتز، هدایت روزنه‌ای، تعرق و دمای برگ گیاه ذرت، دو آزمایش مزرعه‌ای در ایستگاه تحقیقات کشاورزی خرم‌آباد، مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی لرستان در سال‌های 91-1390 انجام شد. هر آزمایش به‌صورت اسپلیت پلات فاکتوریل بر پایه طرح بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار اجرا شد. آبیاری در سه سطح، بدون تنش، تنش متوسط و تنش شدید به ترتیب بر اساس 70، 50 و 30 د...

متن کامل

تجزیة ارتباط مکان‌های ژنی کنترل کنندة صفات مورفولوژیک برنج با استفاده از نشانگرهای ISSR در شرایط غرقاب و تنش خشکی

شناسایی مکان­های کنترل­کننده صفات کمی به ویژه در وضعیت تنش از موضوع­های مهم حوزة به نژادی است. پژوهش حاضر در راستایی شناسایی نشانگر­های مولکولی که ارتباط معنی­داری با صفات مرتبط در برنج با استفاده از  نشانگر ISSR و 59 ژنوتیپ برنج و 21 صفت زراعی در شرایط غرقاب و تنش خشکی انجام شد. ژنوتیپ­های مورد بررسی براساس  نشانگر­های بین ریزماهواره­ای در مجموع 144 باند با میانگین 4/14  باند به ازای هر جا...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید


عنوان ژورنال:
زیست فناوری گیاهان زراعی

جلد ۶، شماره ۱۴، صفحات ۱-۱۵

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023